Durante el tiempo transcurrido entre la conclusión de su tesis doctoral y el momento en que fue habilitado como profesor, Weber comenzó a interesarse en política social contemporánea. En 1888, se unió a la Verein für Socialpolitik, para entonces nueva Asociación Profesional de Economistas Alemanes. Esta asociación, afiliada a la escuela histórica, consideraba que el aporte principal de la economía era la solución de los problemas sociales de mayor impacto durante la época, y fue pionera en el uso de estudios estadísticos a gran escala en el análisis económico. En 1890 la Verein creó un programa de investigación para examinar «la cuestión polaca», término usado para referirse al flujo de trabajadores agrícolas extranjeros hacia Alemania oriental, mientras sus trabajadores locales migraban a las ciudades en proceso acelerado de industrialización. Weber fue puesto a cargo de este estudio y redactó una parte considerable de sus resultados. El reporte final fue elogiado ampliamente como un excelente trabajo de investigación empírica, cimentando la reputación de Weber como experto en economía agraria.
Weber obtuvo un éxito académico considerable en la década de los años 1890. En 1893, se casó con una prima lejana llamada Marianne Schnitger, quien posteriormente se convertiría en feminista y escritora por derecho propio, además de volverse un factor decisivo en la recopilación y publicación de trabajos poco conocidos de Weber posterior a su muerte en 1920. En 1894 la pareja se mudó a Freiburg, donde Weber fue nombrado como profesor de economía en la Universidad de Freiburg, cargo que posteriormente continuará al trasladarse a la Universidad de Heidelberg en 1897. Ese mismo año murió su padre, dos meses después de que ambos sostuvieran una discusión muy fuerte, respecto a la cual nunca tuvieron la oportunidad de hacer las paces. A partir de entonces, Weber se vuelve cada vez más propenso al nerviosismo y al insomnio, lo cual dificulta su capacidad de dar clases y cumplir con sus tareas como profesor. Por tanto, se vio obligado a disminuir y eventualmente detener su trabajo académico, dejando su último curso, en el otoño de 1899, sin terminar. Después de meses en un sanatorio durante el verano y otoño de 1900, Weber y su esposa Marianne viajaron a Italia a finales de este año, para no regresar sino hasta abril de 1902.
Después de su inmensa productividad en los tempranos años 1890, Weber no publicó un solo ensayo entre comienzos de 1898 y finales de 1902, y finalmente renuncia a su cargo de profesor en otoño de 1903. Sin embargo, continuó trabajando como profesor privado, ayudado por una herencia obtenida en 1907.
El mismo año de su renuncia al cargo de profesor, Weber acepta el cargo de editor asociado del Archivo de CienciasSociales y Bienestar Social junto a sus colegas Edgar Jaffé y Werner Sombart. En 1904, visitó los Estados Unidos y participó en el Congreso de las Artes y las Ciencias, que se realizó junto a la Exposición Universal de San Luis. En 1904, comienzan a aparecer en esta publicación lo que serían los principales trabajos de Weber, siendo en 1905 cuando se publica su ensayo La ética protestante y el espíritu del capitalismo, el cual se convirtió en su trabajo más popular y sentó las bases para su trabajo futuro sobre el impacto de la cultura y la religión en el desarrollo de los sistemas económicos. La importancia del ensayo es tal, por cierto, que resultó ser el único de sus escritos que fue publicado como un libro mientras él vivió.
En 1912, Weber intentó organizar un partido político de izquierda que combinase social-demócratas y liberales, pero su intento fracasó debido al miedo que muchos liberales sentían hacia los ideales --que consideraban revolucionarios-- de los social-demócratas.
Durante la Primera Guerra Mundial, Weber sirvió por un tiempo como director de los hospitales del ejército enHeidelberg. Entre 1915 y 1916 formó parte de grupos que intentaban mantener el control alemán en Bélgica y Polonia después de la guerra. Las opiniones de Weber sobre la guerra, y también sobre la expansión del imperio alemán, cambiaron durante estos años. En 1918, fue miembro del consejo de obreros y soldados de Heidelberg. El mismo año se convirtió en consultor de la Comisión del Armisticio Alemán para el Tratado de Versalles y la comisión le asignó el borrador de la Constitución de Weimar. Weber temía intensamente una revolución comunista en Alemania y se decantaba a favor de insertar el artículo 48 en la constitución. Posteriormente, este artículo será aprovechado de modo oportunista por Adolf Hitler para declarar la ley marcial y así obtener potestades de dictador.
A partir de 1918, Weber retomó la docencia, primero en la Universidad de Viena y luego, en 1919, en la Universidad de Múnich. En Múnich, fue director del primer instituto de sociología creado en una universidad alemana, aun cuando jamás ejerció una cátedra de sociología a lo largo de su vida.
